Kepunahan dalam biologi berarti hilangnya keberadaan dari sebuah spesies atau sekelompok takson. Waktu kepunahan sebuah spesies ditandai dengan matinya individu terakhir spesies tersebut, walaupun kemampuan untuk berkembang biak tidak ada lagi sebelumnya. Tetapi dikarenakan wilayah sebaran sebuah spesies atau takson yang bisa sangat luas, sehingga sangat sulit untuk menentukan waktu kepunahan. Kesulitan ini dapat berujung kepada suatu fenomena yang dinamakan takson Lazarus, dimana sebuah spesies dianggap telah punah tetapi muncul kembali.
Melalui proses evolusi, spesies yang baru muncul dari suatu mekanisme spesiasi (dalam bahasa Inggris: speciation) dimana jenis makhluk hidup baru muncul dan berkembang biak secara lancar bila mereka mempunyai ecology niche. Spesies akan punah bila mereka tidak bisa bertahan bila ada perubahan di ekologi mereka ataupun bila persaingan semakin ketat dari makhluk hidup lain yang lebih kuat. Umumnya, suatu spesies akn punah dalam waktu 10 juta tahun,dihitung dari permulaan kemunculannya. Beberapa spesies, biasanya juda disebut fosil hidup telah bertahan dan tidak banyak berubah selamaratusan juta tahun. Salah satu contoh fosil hidup adalah buaya.